伴隨驚天巨響，龐大的能量漩渦扭曲了空間，人類流離失所，環境中氣候變化，植物野蠻生長，世界被賦予了新的面貌，也迎來了全新的秩序，被稱之為創世紀。

世界各地開始出現各種大大小小的能量漩渦，危機重複上演。

為此，創世紀的人們通過捕捉空氣逸散出的能量粒子，將能量運用在方方面面，開發各式各樣武器，用於武裝在創世紀出生，被能量改造身體的少女們，通過指揮她們探索能量漩渦，尋找能量漩渦的來源，防止空間扭曲的悲劇重演。